ANTT está autuando por incorreções nos dados do transportador autônomo

Nas notas emitidas deve constar os dados do transportador cadastrado na ANTT e não do motorista.
Quanto há contratação de transportador autônomo é obrigatório informar na Nota Fiscal Eletrônica os dados do Transportador cadastrado junto à ANTT Agência Nacional de Transportes Terrestres.
Na página da ANTT (ou acessando diretamente este link:  http://rn3.antt.gov.br/system/Modulos/Transportador/tra00006.aspx) é possível consultar os dados do Transportador.    
Essa consulta DEVE ser feita sempre que for utilizado veículo que não pertença ao emitente da nota ou ao destinatário que nela conste.   
Devem ser confrontados:
.: os dados que estiverem na ANTT com os documentos do veículo;
.: os dados do transportador constantes da Nota Fiscal devem coincidir com os dados extraídos do portal da ANTT.
A pesquisa feita ​na página oficial da ANTT indicará o número do RNTRC - Registro Nacional de Transportadores Rodoviários de Carga é o cadastro DE CADA TRANSPORTADOR. 
Deve ainda ser verificado se o transportador se encontra com os RNTRC VÁLIDO junto à ANTT.  Se o RNTRC não estiver válido, o transportador não pode ser contratado, estando o contratante sujeito a multa.
Ou seja, o número do RNTRC é DO TRANSPORTADOR e não do veículo.  Recomendamos a leitura das Respostas disponíveis do site da ANTT, no endereço   http://appweb2.antt.gov.br/carga/rodoviario/faq.asp.  A pergunta 7 (transcrevo adiante) esclarece que o RNTRC é do Transportador:
"​​7 - Possuo vários caminhões e só recebi um certificado do RNTRC. Preciso tirar fotocópias do documento para cada um dos veículos? 
Resposta da ANTT: Sim. Todos os veículos deverão ter uma cópia do Certificado - CRNTRC, em tamanho natural ou reduzido, desde que legível, não sendo necessária autenticação."
Apesar de o cadastro ser do TRANSPORTADOR, deve também ser consultada a placa do veículo na página oficial da ANTT, para que se certifique que o veículo está regularmente cadastrado e vinculado ao Transportador.   
Será SEMPRE a informação que constar na página oficial da ANTT que deve estar na nota fiscal.   Na Nota Fiscal Eletrônica há um Campo denominado “RNTC” (dentro do arquivo XML, campos 376 e 380), onde deverá constar o número do Registro Nacional do Transportador de Cargas, que é exatamente o cadastro do transportador junto à ANTT.  Tais informações também são impressas no DANFE, no campo destinado à identificação do transportador.
A ANTT já tem, inclusive, autuado empresas por este tipo de irregularidade.   Veja um Auto de Infração Recente:

Auto de Infração

Observe no Auto de Infração que a autoridade fiscal assinalou o último quadro da lista de infrações que prevê "Emitir os documentos (...) em desacordo ao regulamentado".
As empresas devem ficar atentas para não serem surpreendidas com a obrigação de pagar multas por causa de um procedimento que muitos consideram normal: colocar os dados do motorista nas notas fiscais.
Além da obrigação Fiscal de informar os dados do transportador na Nota Fiscal Eletrônica, também há obrigação Previdenciária - recolhimento do INSS sobre o valor pago ao autônomo.   O pagamento pode ser feito com utilização de RPA (Recibo de Pagamento a Autônomo), onde deve ser informado, inclusive, CPF e número de matrícula do autônomo na Previdência Social (NIT).   Anexamos no rodapé desta página um arquivo-modelo do recibo, padrão Excel, já com cálculo e tabelas de INSS e Imposto de Renda.
A ANTT também obriga que o pagamento seja feito por meio eletrônico (PEF - Pagamento Eletrônico de Frete) e que seja obtido o Código Identificador de cada Operação de Transporte (CIOT).  
CIOT – Norma editada pela Agência Nacional de Transportes Terrestres
A ANTT Agência Nacional de Transportes Terrestres também possui normas para contratação e pagamento do frete a Transportadores, principalmente a Autônomos.  Em síntese, elas preveem que:
- O pagamento pelo serviço só poderá ser feito por meio eletrônico;
- Cada operação de Transporte deve ser cadastrada e deverá ter um CIOT - Código Identificador da Operação de Transporte;
- A obrigação aplica-se também à Pequenas Empresas de Transporte Rodoviário de Cargas (que possuírem em sua frota até três veículos);
- Há Penalidades pelo descumprimento;
Informações sobre a obrigatoriedade e funcionamento do CIOT devem ser obtidas nos endereços oficiais da ANTT:
.: Página do PEF (Pagamento Eletrônico de Frete):  http://www.antt.gov.br/index.php/content/view/12673/PEF___Pagamento_Eletronico_de_Frete.html
.: Perguntas Frequentes sobre o PEF:  http://appweb2.antt.gov.br/PEF/perguntasfrequentes.asp.
Relembrando e resumindo:
.: 1) os dados do transportador na nota fiscal devem ser os que constam na página da ANTT, não devendo ser usado o nome do Motorista, a não ser que ele seja o transportador inscrito na ANTT;
.: 2) o transportador só pode ser contratado se estiver com o registro regular junto à ANTT;
.: 3) a cada contratação de transportador autônomo deve ter um Recibo de Pagamento a Autônomo, inclusive com prestação de informações à Previdência Social.
.: 4) o pagamento ao autônomo (ou à pequena transportadora com até três veículos) só pode ser feito por meio eletrônico, devendo ser obtido o Código Identificador de cada Operação de Transporte (CIOT)